Raden Saleh memiliki satu titik hitam dalam perjalanan hidupnya, yakni dimana ia dituduh sebagai dalang pemberontakan petani di Bekasi tahun 1869. Tuduhan ini membuat Raden Saleh dianggap sebagai penghianat di Hindia Belanda, hingga ia dikucilkan oleh banyak pihak.

Karena tuduhan itu rumahnya digeledah, barang-barangnya dibongkar dengan sembarang, rumahnya dikelilingi 50 tentara dan ratusan orang menonton peristiwa ini di depan rumahnya. Raden Saleh tidak pernah merasa terhina sedemikian rupanya. Namun ia tetap bersikeras melawan ketidak-adilan yang diterimanya. Raden Saleh berpijak pada apa yang ia anggap benar. Hingga walaupun ia terbukti tidak bersalah, pemerintah Kolonial tidak pernah meminta maaf sehingga Raden Saleh harus dikucilkan selama sisa hidupnya. Pemerintah Kolonial selalu menganggap dirinya sebagai bangsa yang intelektual, namun praktik kepemimpinannya jauh daripada itu.